Kada nemilosrdni zločinac zvan Khan objavi rat Federaciji, kapetan Kirk, Spock i smiona posada "U. S. S. Enterprisea" kreću u najveću potjeru za kriminalcem u povijesti.
Grupa od 12 tinejdžera iz različitih sredina upisuje se na Američku baletnu akademiju u New Yorku kako bi postali baletni plesači, a svaki se nosi s problemima i stresom treninga i napredovanjem u svijetu plesa.
Kapetana Kirka i posadu "Enterprisea" napadne diktator Krall. Kada pritom strada njihov brod, tim završi na udaljenom planetu nastanjenom neprijateljski i prijateljski nastrojenim izvanzemaljcima.
Radnja filma se događa u doba prohibicije i prati uspon Joea Coughlina od sitnog kriminalca do jednog od najpoznatijih gangstera Amerike. Joe Coughlin, najmlađi sin uvaženog bostonskog policajca, već odavno je okrenuo leđa svom strogom i pravilnom odgoju. Sada nakon što je tijekom djetinjstva diplomirao na sitnim krađama, Joe je postao najstrahovitiji gradski mafijaš koji uživa u uzbuđenjima i ulozi odmetnika. No, život s druge strane zakona sa sobom nosi visoku cijenu. U vremenu nemilosrdnih ljudi, ambicija, keša, ilegalnog alkohola, oružja i bitke za kontrolu tržišta, nikome - ni članoivma porodice, a ni prijateljima - ne može se vjerovati.
Priča prati rane dane Jamesa T. Kirka i ostalih članova posade "USS Enterprisea" za vrijeme njihova boravka u Akademiji Zvjezdane flote, s pustolovinama koje se protežu od Zemlje do Vulkana. Spock je još logičan, a Scotty se još ogorčeno žali da su motori broda preopterećeni. Plan o putovanju kroz vrijeme pokreće se kad svemirski brod Federacije "USS Kelvin" napadne zli Romulanac, očajnički tražeći jednog od junaka filma. Kirk i Spock dovedeni su u središte pozornosti jer film prati početke njihova prijateljstva i kako su postali časnici na brodu "Enterprise".
Kada posada Enterprisea bude pozvana da se vrati kući, otkrije da je nezaustavljiva sila straha unutar vlastitih redova razorila flotu i sve što ona predstavlja, ostavivši naš svijet u kriznom stanju. Odlučan da podmiri osobne račune, kapetan Kirk povede lov u ratnu zonu kako bi zarobio oružje masovnog uništenja u liku jednog jedinog čovjeka. Kad naši junaci ulete u epsku partiju šaha na život i smrt, ljubav dolazi na kušnju, prijateljstva se razaraju, a žrtvovanja će biti neophodna za dobrobit jedine obitelji koja je Kirku još preostala: njegove posade.
